小美是一個年幼的女孩，她與父親秀力．史諾頓博士住在一處名叫“綠色原野”的地方，這是一片可以使人心境安寧的大草原。某天，秀力博士因為發現未知圖騰的木刻板而失蹤，留下小美孤單一人生活在大宅內。由助手幫忙帶回的木刻板上記載了許多類似英文字母的圖騰（未知圖騰甦醒前），感到無限孤獨的小美便順手排出瞭如右圖的文字：爸爸、媽媽、我（PAPA、MAMA、ME）。                                                          而不知名的神奇寶貝“未知圖騰”就因此來到這世界上。由於“未知圖騰”的力量，小美所居住的大房子漸漸被結晶所包圍而形成了結晶塔。“未知圖騰”為小美建造結晶塔，是為了幫助小美忘卻父母不見後的孤寂，但卻加深小美深陷在完美的幻象世界裡，漸漸的她的心逐漸化為結晶，整座塔也被水晶所覆蓋。                                                          接著，結晶繼續向外擴散，開始吞噬一切。而因為小美想要媽媽，在塔中化身為她爸爸的炎帝，便將小智的媽媽抓進結晶塔充當小美的媽媽，使得小智無...